مدرسه گنجعلی خان موسس این مدرسه، زکه، حاکم کرمان در دوران صفویه شاه عباس اول بود. کتیبه های باقی مانده به سلطان محمد معمار یزدی معمار معجم بناهای گنج علی خان اشاره دارد و کتیبه اصلی را علیرضا عباسی نوشته است. مدرسه و سایر آثار مجموعه گاندی علی خان در جریان حملات آغام محمدخان قاجار آسیب زیادی دید و حدود 5000 جلد کتاب عالی از کتابخانه مدرسه غارت شد و به عنوان انبار و فروشگاه مورد استفاده قرار گرفت و آسیب و فرسودگی شدیدی دید. در نتیجه عدم نگهداری مناسب خوشبختانه در دهه های اخیر ساختمان مدرسه توسط سازمان مرمت میراث فرهنگی و دانشکده هنر نگهداری می شود. مدرسه ابراهیم خان سردر ورودی در ضلع غربی قیصریه ابراهیم خان قرار دارد و دارای طاق‌ها و تزئینات کاشی کاری و سنگ‌تراشی است. در پشت بام تالار اصلی برج ساعت وجود دارد که بعدها به مجموعه اضافه شد. ورودی و برج ساعت در ضلع شرقی این مدرسه کاشی کاری شده و منظره زیبایی دارد. خانه معلم در ضلع جنوبی مدرسه است. این فضا دارای درهای ارسی شیشه ای رنگی و نمای کاملاً کاشی کاری شده است. نکته جالب دیگر این است که بلندترین بادگیر کرمان با ارتفاع 16 متر در این مدرسه ساخته شده است. این مدرسه از معماری دوره صفویه الهام گرفته شده است. عناصر عملکردی فضایی مدرسه عبارتند از کلاس درس، کتابخانه، مساجد، اتاق خادمان، لامپ، زهکش و سرویس بهداشتی. ساختمان های آن شامل غرفه های شان نشین، محراب، ایوانچه و آلاچیق های اطراف است. ایوان قبله به محراب زیبایی منتهی می شود که از کاشی های هفت رنگ مختلف ساخته شده است. همچنین عناصر تزیینی مانند گچ بری، کشتار، مقرنسکی و کاربندی در تمامی بخش ها یافت می شود.