انگیزه ایجاد این مسجد در سال 1966 زمانی آغاز شد که ملک فیصل بن عبدالعزیز از ابتکار دولت پاکستان برای ساخت مسجد ملی در اسلام آباد در سفر رسمی به پاکستان حمایت کرد. در سال 1969 ، یک مسابقه بین المللی برگزار شد که در آن معماران 17 کشور 43 پیشنهاد را ارائه دادند. طرح برنده ، طراحی معمار ترک ، ودات دالوکای بود. چهل و شش جریب زمین برای پروژه اختصاص داده شد و اجرای آن به مهندس و کارگران پاکستانی اختصاص یافت. ساخت مسجد در سال 1976 توسط National Construction Limited پاکستان ، به رهبری عظیم خان و با هزینه بیش از 130 میلیون ریال سعودی (تقریباً 120 میلیون دلار امروز) توسط دولت عربستان سعودی تامین شد. ملک فیصل بن عبدالعزیز در تامین بودجه نقشی اساسی داشت و مسجد و جاده منتهی به آن پس از ترور وی در سال 1975 به نام وی نامگذاری شدند. شاه خالد ، جانشین پادشاه فیصل بن عبدالعزیز سنگ بنای مسجد را در اکتبر 1976 گذاشت. و توافق نامه ساخت را در سال 1978 امضا کرد. اطلاعات اساسی مسجد را می توان بر روی سنگ بنای نوشته شده یافت. در 18 ژوئن 1988 ، اولین نماز برگزار شد ، اگرچه مسجد در سال 1986 به پایان رسید. محوطه مسجد علاوه بر اینکه یک ساختمان برای نماز بود ، چندین سال پیش در دانشگاه اسلامی بین المللی نیز مستقر بود اما از آن زمان به یک دانشگاه جدید در 2000. برخی از مسلمانان سنتی و محافظه کار ابتدا این طرح را به دلیل طراحی غیرمتعارف و نداشتن ساختار گنبد سنتی مورد انتقاد قرار دادند.