مقبره شیخ به هفت قسمت تقسیم می شود که نمایانگر مراحل هفت گانه عرفان صوفیانه است. با هشت دروازه از هم جدا شده است که نشان دهنده هشت نگرش تصوف است. سه برج وجود دارد که مقبره مهم‌ترین صوفیان را در خود جای داده است که شکوه و جلال آنها خاص‌ترین ویژگی این مجموعه است. قدیمی ترین برج مقبره ای که مقبره شیخ صفی الدین است، نیمه پنهان پشت دو برج دیگر قرار دارد. نمازخانه به زیبایی با رنگ‌های طلایی، قرمز تیره و آبی تزیین شده است و اطراف آن را طاقچه‌های متعددی احاطه کرده است که مقبره‌های متوفی را در خود جای داده است. علاوه بر نمازخانه اصلی، اتاق چینی نیز بسیار قابل توجه است. این یک فضای بزرگ به شکل صلیب با گچ بری های زیبا است. دیوارها با طاقچه های کوچک به اشکال مختلف پوشیده شده اند (شکل ویولن یا گلدان). در قرن 16 و 17 این طاقچه ها با ظروف چینی که به عنوان هدیه توسط حاکمان صفوی دریافت می شد پر شد. اکثر آنها اکنون در موزه های بزرگ تهران نگهداری می شوند. فرش معروف اردبیل که قبلا تمام کف این اتاق را می پوشاند در موزه آلبرت و ویکتوریا لندن نگهداری می شود. بناهای مقبره‌ای مقبره شیخ صفی از باشکوه‌ترین و باشکوه‌ترین مجموعه‌های عصر صفویه به‌شمار می‌رود.